Bermain Mengurut Sekuens DNA

Debron, Luke dan Paula mengerumuni sebuah laptop di kantin Universitas McGill di Montreal, Kanada. Mereka begitu terpaku pada sebuah permainan online.

Tidak ada monster yang mengamuk, zombi pemakan otak atau ledakan berdarah di sini. Tak ada kekerasan atau agresi jenis apapun. 'Phylo' jauh lebih serius dari itu. Ketiga mahasiswa ini berusaha memecahkan teka-teki DNA; untuk mencari lokasi mutasi kode genetika manusia yang menyebabkan kanker dan kelainan lainnya pada manusia.

Pengurutan sekuens DNA menjadi fokus 'Phylo.' Permainan ini dikembangkan peneliti McGill, Jerome Waldispuhl dan Mathieu Blanchette.

Dengan menderetkan sekuens DNA manusia yang homogen atau spesies lain, pemain mengisolasi mutasi pada versi manusia yang berpotensi memicu kerusakan genetika.

Mata manusia tiada tara

Mutasi yang terakumulasi dalam gen purba yang telah eksis jutaan tahun, yang bisa dilacak hingga ke masa kelahiran keluarga jamur, umumnya adalah rangkaian kode genetika yang memicu penyakit pada manusia. Atau yang memungkinkan perkembangan penyakit. Menemukan kandidat mutasi pada basis data sekuens - lalu menegaskan rancang bangunnya secara persis - menjadi hal yang harus dilakukan.

"Namun proses menemukan solusi optimal tergolong kompleks", ujar periset biokomputer McGill, Guillaume Bourque, yang turut berkontribusi dalam mengembangkan 'Phylo.' Komputer super dapat bekerja efektif dalam menguraikan urutan DNA mentah yang cocok, untuk menyimpulkan adanya mutasi atau perbedaan pada gen manusia.

Fenomena ini bisa melibatkan transposisi sederhana pada salah satu dari empat basa pembentuk DNA (A, G, C, T) dan mutasi yang lebih rumit dengan penyisipan atau penghapusan sekuens kode genetika yang disebut indel yang mengacaukan urutan.

Tapi kalau urusannya menyangkut penyusunan dengan perasaan, tidak ada yang bisa menggantikan mata manusia. Bagaimanapun manusia dapat membedakan fitur wajah dan suara yang tidak terpikirkan oleh komputer.

Pemain 'Phylo' meneliti penyusunan kode oleh komputer yang diubah menjadi teka-teki. Setiap teka-teki terdiri dari satu set sekuens nukleotida DNA yang telah berubah menjadi balok-balok berwarna, mewakili gumpalan kode DNA yang lazimnya dimiliki manusia serta beragam spesies hewan.

Memecahkan teka-teki

Setiap baris dalam permainan 'Phylo' mewakili versi kode yang berbeda dari pohon filogenetik - dari tikus, ular, serangga atau makhluk lain - masing-masing dengan rentang, sisipan dan penghapusan unik yang mengacaukan urutannya dari baris atas dan bawah.

Dengan tetikus di genggaman atau jari pada layar sentuh, seorang pemain 'Phylo' menggeser balok-balok multiwarna ke berbagai arah, melintasi setiap baris, mengurutkan sebaik mungkin, layaknya periset yang memasukkan sekuens genetik.

Sebagai imbalan atas waktu dan intuisi visual yang mereka berikan, para pemain 'Phylo' seperti Debron, Luke dan Paula akan disebutkan dalam makalah ilmiah sebagai 'pemain Phylo.' Pemain-pemain anonim dari seluruh dunia telah memecahkan hampir seperempat juta teka-teki 'Phylo', termasuk berbagai penyakit akibat kelainan genetika, sekali lagi menunjukkan kekuatan crowdsourcing atau sumber daya kerumunan dalam kemajuan sains dan teknologi.